在很麼以前， 江淮之間的滁州有座美麗的山。 春夏之際， 山上到處都是奇花異草、怪石清泉。 陽光普照之時， 百鳥齊鳴， 十分引人入勝。 據說， 這座山實際上是座寶山， 它在天上修煉多年， 一次偷跑到凡間遊玩， 被玉帝發現後受到懲罰， 就只能永遠待在凡間了。
一天， 一個雲遊的老和尚到了滁州， 發現這座美麗的山后甚為欣喜， 就決定在山頂蓋座寺廟， 打坐修行。 後來他在山上看到一個無家可歸的孩子， 覺得可憐就收在廟裡做弟子。 但是這個孩子雖然聽從管教， 卻非常的笨， 念個“阿彌陀佛”都不會， 只會說“摩陀，
一個月之後， 老和尚想念起山上幽美的環境， 覺得也是時候回去看看孩子了， 就趕回了寺廟。 本來以為， 在自己不在的這麼多天， 孩子吃得不好一定會瘦下來， 但是見到孩子的那一瞬間，
老和尚很高興又很好奇， 就問孩子：“為師不在的這麼多天， 你是吃什麼長得這麼好呢？”孩子說了句“摩陀”， 轉身走到院外， 不一會兒拿了些石頭回來。 接著把石頭放進鍋裡， 就開始燒火煮石。 老和尚很納問， 不知道孩子在幹什麼。 孩子也不解釋， 只是念著“摩陀， 摩陀”， 無奈， 老和尚只能耐心等待。
又過了一會兒， 鍋裡冒出了一股香氣， 聞了叫人直流口水。 只見孩子從鍋裡撿了一缽子端到老和尚面前， 老和尚一看， 石頭都變成了很有光澤的金黃色， 就順手拿了一個。 說也奇怪， 這石頭捏在手裡和饅頭似的， 掰一塊兒放在嘴裡， 發現又軟又甜。
老和尚很高興， 想以後在這廟裡就不用為吃飯發愁了。
轉眼到了西晉末年， 琅琊王司馬睿為了躲避朝中戰亂， 便喬裝打扮一路向南逃來。 這一天， 他逃到摩陀山來， 由於連日奔波勞累， 心口疼的毛病又犯了， 疼得他滿地翻滾。 這一幕碰巧被寺院裡的和尚看到了， 和尚慌忙跑回山上， 不一會兒就端了一碗藥水來， 讓司馬睿喝下。 過了半個時辰， 司馬睿覺得滿身輕鬆， 渾身是勁兒， 心口一點也不疼了。
司馬睿很納悶：這心口疼的毛病他小時候就有，
疼起來要命，
吃藥也沒什麼效果，
沒有十天半月的修養不見好轉。
而這是什麼藥呢，
可以在半個時辰之內讓身體恢復得這麼好？當下便先向小和尚道了謝，
又說出了自己心中的疑惑。
和尚便說：“摩陀摩陀， 施主不須言謝。 這藥水是用山上的石頭和花草研製而成， 具有神奇的功效， 可以養神健身。
司馬睿見這是個養精蓄銳的好地方， 決定先在廟裡住下， 就編了個謊言向小和尚說道：“我本要到江南走親訪友， 誰知經過此地遇上強盜， 身上的錢財都被他們搶走了， 現下無錢上路。 小和尚可否告知方丈， 讓我在此地住上一些日子， 等我湊足了錢再離開。 ”小和尚便帶司馬睿進了寺廟。
此後琅琊王司馬睿裝扮成樵夫，在寺廟裡生活了很長一段時間。再後來，司馬睿建立了東晉王朝，成為東晉的第一個皇帝。一日他微服私訪，經過摩陀山，回想起當年在這裡落難得救的事，頗為感慨。回去以後，他傳下聖旨：將寺廟擴建修繕，名字改為“琅琊寺”，摩陀山改為“琅琊山”。此後，“琅琊寺”和“琅琊山”這兩個名字一直流傳到現在。
此後琅琊王司馬睿裝扮成樵夫，在寺廟裡生活了很長一段時間。再後來，司馬睿建立了東晉王朝，成為東晉的第一個皇帝。一日他微服私訪，經過摩陀山，回想起當年在這裡落難得救的事，頗為感慨。回去以後，他傳下聖旨：將寺廟擴建修繕，名字改為“琅琊寺”，摩陀山改為“琅琊山”。此後，“琅琊寺”和“琅琊山”這兩個名字一直流傳到現在。