到了崇禎元年， 皇太極收降蒙古諸部後， 明朝的地緣形勢驟然惡化， 袁崇煥明銳地感覺到後金越界而攻的危險性正大大增強。 在萬里赴召途中， 給崇禎的奏本中已經提到察哈爾敖漢、奈曼歸順後金後， 寧錦前矛盡撤， 失去了戰略緩衝。 十月， 又提醒朝廷蒙古西部無存， 明朝獨自承當後金的軍事壓力。 如果後金和喀喇沁勾結， 協同入犯， 則明朝東自寧前， 西自喜峰口、古北口處處危險， 為禍更烈。 為了拉住蒙古， 袁崇煥不惜頂著巨大壓力， 在朵顏部遭到災荒時， 同意接濟其糧食， 以自己的政治前途為賭注，
崇禎二年， 袁崇煥又連上兩道奏疏， 請求朝廷加強薊州防務， 防備後金進攻， 但是沒有引起明廷的足夠重視， 並無實際行動加強薊州防務。 九月， 袁崇煥直接派出謝尚政率領一支人馬協防遵化， 順天巡撫王元雅認為並無敵情， 袁崇煥純屬多此一舉，
十一月， 直隸巡按禦史陳睿謨憂心忡忡的奏稱說今日後金窺視之情薊州甚於遼東， 今日之薊州非昔日之薊州。 邊外蒙古諸部盡歸後金， 東起三岔河西至宣府大同長邊近二千里， 對後金毫無阻攔， 大有可慮。 敵人知道關寧重兵難越， 必繞道薊州， 到時薊州百千關口， 防不勝防。 敵軍清晨破邊而入， 傍晚就可馳抵北京， 庚戌往事殷鑒不遠。 建議急修邊牆、增強防禦。 崇禎認為有理， 批轉照此辦理。 這是崇禎版狼來了的故事， 天天喊狼來了， 狼卻遲遲不出現， 於是大家都認為狼不會來， 直到有一天， 狼真的來了， 高喊狼來了， 沒有人相信有狼，
袁崇煥重起後， 官銜是兵部尚書兼右副都禦史， 督師薊遼， 兼督登萊天津軍務。 兵部尚書和右副都禦史都是虛銜，
崇禎元年九月，崇禎有一道諭旨對薊遼邊防責任作了明確劃分。諭旨明確指出：“關外由遼東督師袁崇煥相機戰守；關內古北口、喜峰口等路由順天巡撫王應豸嚴督薊州三協道臣、將官分地控扼，以匹馬不入為功；薊遼總督喻安性急時東西策應，平時坐鎮密雲。”崇禎二年五月，袁崇煥奉旨精簡冗官，他政令所及包括關外遼東全境和關內關內道和永平道二道。在向朝廷的奏報中提到：至於順天等處，則聽當地督撫為政，他不敢越俎代庖。可見，其對薊州地區的軍政事務並不符實際上的責任，只是名義上的最高軍事領導。
後金入犯後，袁崇煥上疏引咎請罪，崇禎做了如下批復：“卿治兵關外，日夕拮据而已。分兵戍薊，早見周防，關內疏虞，責有分任。”。皇帝的批示，明確指出，薊州方面的防務責任並不在袁，最具權威性和說服力。 皇太極十月初一率大軍西行，為避免袁崇煥得知，取道錦州以北三百里以外，超出了當時明軍的偵察範圍，後來祖大壽把這一點作為遼東方面卸責的一個理由。祖大壽說的確屬事實，也有他的道理，但是皇太極為了以求一逞，差不多是把後金能夠出動的部隊全部帶出，而且沿途等候蒙古軍來會，行軍速度不是很快，路上走了近一月之久。這麼大一支隊伍在後金國消失了這麼長時間，袁崇煥竟一無所知，如在夢中，對敵嗅覺如此之麻木，軍事情報如此之遲鈍，雙方未曾對面交手，袁崇煥已經先輸一招，不能說他沒有偵探不明、失察之過。
到了皇太極仿效鄧艾暗度陰平，破釜沉舟突入長城，斬殺當地明軍如同砍瓜切菜，王元化被圍遵化，形勢危急，急派人到山海關求救。袁崇煥從各方面得到消息，他此刻對敵情的判斷卻出現了失誤。上任以來，本是一直對後金繞道入犯憂心忡忡的袁崇煥，此刻他所擔心的事實終於發生了，按說應該極其慎重，奇怪的是，袁崇煥對敵情的判斷，出現了不應該有的輕敵。
接到遵化告急，袁崇煥迅速召集眾將商議，會上眾人對敵情的判斷各不相同。袁崇煥表面上顯得很輕鬆，說定是束不的勾結數千韃子入犯，待他等關外大軍來到，親率眾將入關將其一舉剿滅。在祖大壽錦州大軍到來後，袁崇煥點馬步兵約兩萬入關勤王。一路西行入關之後，沿途種種跡象表明，此次入犯敵軍，絕不止數千之眾。接到趙率教全軍覆沒的戰報之後，袁崇煥頓感事態嚴重，方覺得所帶勤王兵力不足，再派人回遼東調取兵馬，已經慢了一拍。後來袁崇煥被拿後，崇禎責問：關甯有兵十四萬，因何只帶萬余兵馬勤王？懷疑袁崇煥敷衍塞責，並非全無根由。
關甯兵馬在熊廷弼時期有十八萬，熊廷弼後來提出要增加到三十萬才能掃滅後金。孫承宗時期有十一萬，包括工匠雜役等一萬餘人。袁崇煥天啟六年五月奏報關內關外合計九萬二千餘名，崇禎二年整頓營伍後定為關內四萬，關外七萬，合計十一萬。十一萬兵馬，步兵為主。後金軍隊則是騎兵為主，鐵騎衝突，風馳電掣，明軍往往被衝擊的七零八落，袁崇煥為了五年複遼，大力訓練騎兵，以圖與後金野戰爭鋒，但面臨缺馬的難題，所以一再向朝廷申請買馬撥給遼東。十一萬兵馬，其中能戰的精銳，估計不超過一半，這一點可以從後來恢復四城之戰，參戰的遼軍祖大壽和馬世龍兩部總數四萬七千人可以大致推算。
崇禎元年九月，崇禎有一道諭旨對薊遼邊防責任作了明確劃分。諭旨明確指出：“關外由遼東督師袁崇煥相機戰守；關內古北口、喜峰口等路由順天巡撫王應豸嚴督薊州三協道臣、將官分地控扼，以匹馬不入為功；薊遼總督喻安性急時東西策應，平時坐鎮密雲。”崇禎二年五月，袁崇煥奉旨精簡冗官，他政令所及包括關外遼東全境和關內關內道和永平道二道。在向朝廷的奏報中提到：至於順天等處，則聽當地督撫為政，他不敢越俎代庖。可見，其對薊州地區的軍政事務並不符實際上的責任，只是名義上的最高軍事領導。
後金入犯後，袁崇煥上疏引咎請罪，崇禎做了如下批復：“卿治兵關外，日夕拮据而已。分兵戍薊，早見周防，關內疏虞，責有分任。”。皇帝的批示，明確指出，薊州方面的防務責任並不在袁，最具權威性和說服力。 皇太極十月初一率大軍西行，為避免袁崇煥得知，取道錦州以北三百里以外，超出了當時明軍的偵察範圍，後來祖大壽把這一點作為遼東方面卸責的一個理由。祖大壽說的確屬事實，也有他的道理，但是皇太極為了以求一逞，差不多是把後金能夠出動的部隊全部帶出，而且沿途等候蒙古軍來會，行軍速度不是很快，路上走了近一月之久。這麼大一支隊伍在後金國消失了這麼長時間，袁崇煥竟一無所知，如在夢中，對敵嗅覺如此之麻木，軍事情報如此之遲鈍，雙方未曾對面交手，袁崇煥已經先輸一招，不能說他沒有偵探不明、失察之過。
到了皇太極仿效鄧艾暗度陰平，破釜沉舟突入長城，斬殺當地明軍如同砍瓜切菜，王元化被圍遵化，形勢危急，急派人到山海關求救。袁崇煥從各方面得到消息，他此刻對敵情的判斷卻出現了失誤。上任以來，本是一直對後金繞道入犯憂心忡忡的袁崇煥，此刻他所擔心的事實終於發生了，按說應該極其慎重，奇怪的是，袁崇煥對敵情的判斷，出現了不應該有的輕敵。
接到遵化告急，袁崇煥迅速召集眾將商議，會上眾人對敵情的判斷各不相同。袁崇煥表面上顯得很輕鬆，說定是束不的勾結數千韃子入犯，待他等關外大軍來到，親率眾將入關將其一舉剿滅。在祖大壽錦州大軍到來後，袁崇煥點馬步兵約兩萬入關勤王。一路西行入關之後，沿途種種跡象表明，此次入犯敵軍，絕不止數千之眾。接到趙率教全軍覆沒的戰報之後，袁崇煥頓感事態嚴重，方覺得所帶勤王兵力不足，再派人回遼東調取兵馬，已經慢了一拍。後來袁崇煥被拿後，崇禎責問：關甯有兵十四萬，因何只帶萬余兵馬勤王？懷疑袁崇煥敷衍塞責，並非全無根由。
關甯兵馬在熊廷弼時期有十八萬，熊廷弼後來提出要增加到三十萬才能掃滅後金。孫承宗時期有十一萬，包括工匠雜役等一萬餘人。袁崇煥天啟六年五月奏報關內關外合計九萬二千餘名，崇禎二年整頓營伍後定為關內四萬，關外七萬，合計十一萬。十一萬兵馬，步兵為主。後金軍隊則是騎兵為主，鐵騎衝突，風馳電掣，明軍往往被衝擊的七零八落，袁崇煥為了五年複遼，大力訓練騎兵，以圖與後金野戰爭鋒，但面臨缺馬的難題，所以一再向朝廷申請買馬撥給遼東。十一萬兵馬，其中能戰的精銳，估計不超過一半，這一點可以從後來恢復四城之戰，參戰的遼軍祖大壽和馬世龍兩部總數四萬七千人可以大致推算。