日本人是東亞日本的主要居民， 並自稱為大和民族。 日本是位於文化邊緣的一塊神秘國度， 和亞洲大陸最相近的地方也有一百多英里的距離。 由於日本的地理和人文上的孤立， 日本發展出一套獨有的文化體系， 並且極少受到外界的影響。 然而， 日本人究竟源於哪裡？學術界對此一直是眾說紛紜， 莫衷一是。
一直以來由於日本的皇室被神化， 有關日本早期的歷史記載又是一片空白， 而皇室中的史料文獻記載也是嫉妒匱乏， 再加上日本的皇陵又禁止外人進入， 日本天皇的“身世”之謎就成了一個眾人猜測的焦點。
第一種說法認為， 日本人的祖先源于中國。
從古至今， 眾多的學者們都一致認為日本人的祖先來源於中國， 根據歷史記載， 日本的第一位天皇是神武天皇， 於是， 眾多的學者從神武天皇的生平進而研究日本人的來源。
第一， 徐福東渡確有其事。 根據《史記-秦始皇本紀》中的記載， 西元前219年， 齊人徐福等人上書， 說在海中有三座名叫蓬萊、方丈、瀛洲的神山， 是專門供神仙居住的地方。 請求齋戒， 然後和眾多童男童女前去拜求神仙， 於是皇帝就派給徐福數千名童男童女， 讓他們一同前往神山拜求仙人。
第二， 當時整個國家都對成仙和長生不老等深信不疑， 秦始皇為了能夠長生不老獲取仙丹而派徐福去尋找神仙是有可能的。
第三， 徐福東渡以後到達了哪個地方。 大部分學者都認為， 徐福到達的三神山指的就是日本的列島。
第四， 有一部分日本人自稱是徐福的後裔。 他們之所以會這樣說， 主要是由於在日語中， 秦和羽田的發音是一樣的。 日本人也尊稱徐福為“司農神”和“司藥神”。 日本也依然保留著徐福墓、徐福官、徐福上陸紀念碑在內的許多遺址。
第二種說法認為， 日本人的祖先來源於朝鮮。
日本遺傳學教授以基因組研究為基礎， 把東亞多個民族的人體6號染色體內的HLV遺傳基因進行相互比較， 得出的結論是日本人最接近的基因是朝鮮半島居民和居住在中國的朝鮮人民。
第三種說法認為， 日本人的祖先來源於亞洲的遊牧民族。
從日本出土的陪葬品來分析， 早期日本天皇古墓的陪葬品都是鏡子、刀為主要祭祀用品。 而到了中期的時候， 日本天皇的古墓和早期的古墓對比， 陪葬品中多了許多大陸化的貴族的生活物品， 例如金飾、玉飾等等， 甚至還出現了馬具。
就目前來看， 日本人到底來源於哪裡， 已經有了好幾種觀點， 並且每一種都有一定的史料作為依據， 因此無法判斷到底哪一種說法是正確的。 所以， 有關日本人的來源問題也依然是一個尚未被解開的千古之謎。