機械清除法
主要是通過清掃、洗刷、通風、過濾等機械方法清除病原體。 此法雖說普通而又常用， 但達不到徹底消毒的目的， 作為一種輔助方法， 須與其他消毒方法配合進行。
物理消毒法
採用陽光、紫外線、乾燥、高溫、蒸煮等方法， 殺滅細菌和病毒。
化學消毒法
用化學藥物殺滅病原體是最為常用的方法。 選用消毒藥物一應考慮殺菌廣譜， 有效濃度低， 作用快， 效果好；二是對人畜無害；三是性質穩定， 易溶于水， 不易受有機物和其他理化因素影響；四是使用方便， 價廉， 易於推廣；五是無味， 無臭， 不損壞被消毒物品；六是使用後殘留量少或副作用小等。
生物消毒法
常用該法將被污染的糞便堆積發酵， 利用嗜熱細菌繁殖時產生高達70℃以上的熱， 經過1～2個月可將病毒、細菌、寄生蟲卵等病原體殺死。 但此法不適用於炭疽、氣腫疽等芽孢病原體引起的疫病， 這類疫病的糞便應焚燒或深埋。
定期性消毒
一年內進行2～4次， 至少於春秋季各進行一次。 牛舍內一切用具每月應消毒一次。 對牛舍地面及糞尿溝可選用下列藥物進行消毒：5%～10%熱堿水、3%苛性鈉、3%～5%來蘇爾溶液等噴霧消毒， 用20%生石灰乳粉刷牆壁。
臨時性消毒
牛群中檢出並剔出結核病、布氏桿菌病或其他疫病牛後， 有關牛舍、用具及運動場須進行臨時性消毒。 布氏桿菌病牛發生流產時， 必須對流產物及污染的地點和用具進行徹底消毒。 病牛的糞尿應堆積在距離牛舍較遠的地方， 進行生物熱發酵後， 方可充當肥料。 產房每月進行一次消毒， 分娩室在臨產牛生產前及分娩後各進行一次消毒。