朱元璋在位時有一個願望沒有實現。 那就是遷都。 但朱棣的篡位奪權卻幫朱元璋實現了這一夢想。 水樂十八年（1420）。 朱棣下令把都城從南京遷至北京， 雖歷經艱辛以及受到各種阻撓。 但終於完成。 明成祖遷都北京， 是具有重大歷史意義的事件， 對中國政治、經濟、文化造成的影響一直延續到現代。
早在永樂元年（1403）。 禮部尚書李至剛等就曾提出建議， 希望把北平立為陪都， 而朱棣也正有此意。 於是把北平改名為北京， 稱為"行在"。 這都為將來遷都做了準備。 由於朱棣當時剛剛登基， 政權還不穩固。 同時也需要留出大量時間來建設佈置新的北京城， 因此朱棣並沒有立即下令遷都。
既然心中決定要遷都北京， 那麼就要做出完全的準備。 於是朱棣一刻也不閑著地為遷都事宜展開了一系列的準備下作。 朱棣先是在永樂元年對北京做了一些規劃。 他設置了北京留守行後軍都督府、北京行部、北京國子監等衙門。
朱棣遷都的決心異常堅定， 有一件事可以證明。 朱棣同徐皇后感情甚篤。 但水樂五年（1407）， 徐皇后病逝。 曾經同甘共苦、患難與共的妻子離世， 朱棣雖內心悲痛。 但並沒有讓她在南京人土為安， 而是在北京昌平為她建造陵寢。 這恐怕也是為了自己百年之後打算葬於同一陵墓做了準備。
朱棣為遷都北京邁出實質性一步是在永樂七年（1409）。 他借北巡之機， 常住北京， 還在那裡設置了行在六部、都察院。 這套系統就與南京的系統遙遙相對。 各成一體。 南京由留守的太子監國。
此時的北京經過朱棣十幾年的苦心經營， 經濟已經復蘇， 漸漸呈現出一派繁榮景象， 以前的殘破和荒涼之氣一掃而光， 而且北京城的建設也已歷時3年， 基本完工， 遷都事宜己然水到渠成。 於是朱棣在永樂十四年（1416）公開發佈了他遷都的想法。 沒想到遭到了大臣們的極力反對，
但看似已經順利進行的好事卻險些因一場天災遭到破壞。 遷都之事暫時擱置。 這場天災到底是什麼呢？難道遷都真的不順應天意嗎？原來是永樂十九年（1421）四月初八。 天淨大雨， 電閃雷鳴， 新建的奉天、謹身、華蓋三大殿遭雷擊起火。 一時間朝野議論紛紛。
禮部主事蕭儀認為， 遷都後諸事不便， 且棄絕皇脈與孝陵， 有違天意。 成祖大怒， 立即處死了蕭儀。 大臣中的一些南方人不習慣北方氣候。 也紛紛上書反對遷都。 朱棣於是又讓遷都的贊成派和反對派們都跪在午門外辯論。 後來戶部尚書夏原吉主動承擔責任， 才緩和了矛盾，穩定了局面，從此，再也沒有人公開反對遷都了。遷都北京後，南京由都城降為陪都。兩京十三省的格局也在此期間逐漸形成。
朱元璋都反復猶豫的遷都之事，朱棣為何不顧群臣反對，執意遷都呢？這其中恐怕有一大部分原因是北平是他的起家之地。當藩王時。他長期生活在北平。因而在奪取皇位舌。北平自然就被看作是龍興之地了。當然遷都更為重要的是出於政治上的考慮。蒙古鐵琦長期以來一直盤踞在長城以北。對大明邊疆造成嚴重威脅。朱元璋在位時。為了防備邊患，他曾派皇子鎮守長城一線，當時燕王也在其中。朱棣對蒙古騎兵深有瞭解，同蒙古兵多次兵戎相見的他更知其中的利害關係，而遷都北京就是為了更好地防禦蒙古侵襲。因為他覺得北京“山川形勝，足以控四夷。制天下”。
才緩和了矛盾，穩定了局面，從此，再也沒有人公開反對遷都了。遷都北京後，南京由都城降為陪都。兩京十三省的格局也在此期間逐漸形成。朱元璋都反復猶豫的遷都之事，朱棣為何不顧群臣反對，執意遷都呢？這其中恐怕有一大部分原因是北平是他的起家之地。當藩王時。他長期生活在北平。因而在奪取皇位舌。北平自然就被看作是龍興之地了。當然遷都更為重要的是出於政治上的考慮。蒙古鐵琦長期以來一直盤踞在長城以北。對大明邊疆造成嚴重威脅。朱元璋在位時。為了防備邊患，他曾派皇子鎮守長城一線，當時燕王也在其中。朱棣對蒙古騎兵深有瞭解，同蒙古兵多次兵戎相見的他更知其中的利害關係，而遷都北京就是為了更好地防禦蒙古侵襲。因為他覺得北京“山川形勝，足以控四夷。制天下”。