1584年, 努爾哈赤以先祖所遺十三副鎧甲起兵, 開始統一女真建立國家征程。 努爾哈赤參考女真人在圍獵時使用的牛錄組織, 建立了八旗制度。 1616年努爾哈赤在赫圖阿拉接受眾貝勒及五大臣勸進, 黃衣稱朕登上了後金國大汗的寶座。 與關內成熟的明朝國家制度相比, 後金國更像是保留了奴隸制殘餘的女真部落聯盟制度。 努爾哈赤自己直接管轄八旗中的兩黃旗, 眾貝勒管理剩餘的六旗。 六旗皆有各自的旗主, 旗中的人眾只對自己的旗主效忠。 努爾哈赤雖然貴為汗王, 但是只能調動自己直屬的兩黃旗的人力物力,
然而這種建立在個人威望上的權威畢竟是暫時的, 一旦努爾哈赤去世這樣的權威便會削弱甚至消失, 從長遠來看對國家的發展是極其不利。 能否在後金國建立制度性的最高統治者的權威關乎到國家的發展和未來女真民族的命運, 這個課題也成為了擺在後來繼承者面前必須要完成的任務。
1627年努爾哈赤在愛雞堡湯泉療養返回途中病逝, 後金國四大貝勒之一的皇太極在經過一系列明爭暗鬥之後登上了後金國大汗的寶座。 皇太極繼位之前不過是在國內管理國政的四大貝勒中的一位, 沒有努爾哈赤那樣的崇高權威, 如何能夠建立絕對的君主權威是他必須要面對任務。 努爾哈赤在去世之前,
皇太極初等汗位之時,
1643年皇太極去世,圍繞著皇位繼承人的矛盾,清朝爆發了在關外最大的一次政治危機。豪格與多爾袞都希望繼承皇位,但是二人勢均力敵均無法在實力上壓倒對方。代善、濟爾哈朗等旗主各懷鬼胎冷眼旁觀,妄圖在這樣一場爭端中獲取漁翁之利。兩黃旗的將士在這次爭端中的態度頗為耐人尋味,他們懸刀佩劍齊聚宮門要求擁立皇太極的皇子為皇帝,但是又不明確支持豪格繼位,隱約透漏出帝系掌握的三個旗也非鐵板一塊,存在著外人不易察覺的矛盾。棋高一著的多爾袞嗅出了機遇,以擁立皇子福臨為條件博得兩黃旗的好感與支持,又以權力共用為誘餌拉來了濟爾哈朗為自己月臺,成功擊敗豪格以攝政王的身份掌握了實際權力。隨後多爾袞指揮了清朝入關,憑藉這一軍功和威望排擠掉濟爾哈朗、圈禁豪格,又迫使自己的弟弟多鐸將正白旗讓給自己,多爾袞到達了夢寐以求的權力巔峰。
1650年多爾袞剛去世三個月,便立刻遭到嚴厲的政治清算。意圖取代多爾袞繼續掌握攝政權利的阿濟格被下獄處死,多爾袞子孫削去爵位和正白旗旗主,順治皇帝將無主的正白旗收歸己有,連同原來的兩黃旗共三個旗由皇帝擔任旗主,上三旗的制度正式形成了。後世的清朝皇帝又將上三旗內的王公宗室分派到下五旗,由此上三旗完全掌握在皇帝手中,成了皇帝親軍,清朝皇帝也完成了對皇權的集權。
所屬鑲藍旗賞給濟爾哈朗。莽古爾泰則是在大淩河戰役犯下御前漏刃的大罪先受到降爵、罰銀等處罰,又在去世之後其屬下奴僕告發欲圖謀反被皇太極奪去正藍旗,子孫降為紅帶子。皇太極將自己和豪格統轄的兩黃旗和無主的正藍旗的人員全部打散混編,重新劃分為三個旗,分別授予正黃旗、鑲黃旗和正藍旗的旗幟。皇太極親自統轄兩黃旗,將新編的正藍旗授予豪格,這樣後金國大汗一系實際控制了八旗中的三旗,上三旗的雛形由此誕生了。憑藉掌控三旗的實力,皇太極在後金國終於建立起了屬於他自己的大汗權威,借此推行自己的意志,調動各種有利資源完成了從後金國到大清朝的轉變。1643年皇太極去世,圍繞著皇位繼承人的矛盾,清朝爆發了在關外最大的一次政治危機。豪格與多爾袞都希望繼承皇位,但是二人勢均力敵均無法在實力上壓倒對方。代善、濟爾哈朗等旗主各懷鬼胎冷眼旁觀,妄圖在這樣一場爭端中獲取漁翁之利。兩黃旗的將士在這次爭端中的態度頗為耐人尋味,他們懸刀佩劍齊聚宮門要求擁立皇太極的皇子為皇帝,但是又不明確支持豪格繼位,隱約透漏出帝系掌握的三個旗也非鐵板一塊,存在著外人不易察覺的矛盾。棋高一著的多爾袞嗅出了機遇,以擁立皇子福臨為條件博得兩黃旗的好感與支持,又以權力共用為誘餌拉來了濟爾哈朗為自己月臺,成功擊敗豪格以攝政王的身份掌握了實際權力。隨後多爾袞指揮了清朝入關,憑藉這一軍功和威望排擠掉濟爾哈朗、圈禁豪格,又迫使自己的弟弟多鐸將正白旗讓給自己,多爾袞到達了夢寐以求的權力巔峰。
1650年多爾袞剛去世三個月,便立刻遭到嚴厲的政治清算。意圖取代多爾袞繼續掌握攝政權利的阿濟格被下獄處死,多爾袞子孫削去爵位和正白旗旗主,順治皇帝將無主的正白旗收歸己有,連同原來的兩黃旗共三個旗由皇帝擔任旗主,上三旗的制度正式形成了。後世的清朝皇帝又將上三旗內的王公宗室分派到下五旗,由此上三旗完全掌握在皇帝手中,成了皇帝親軍,清朝皇帝也完成了對皇權的集權。