棉花嶼全島皆被火山熔岩給覆蓋, 堅硬多孔的岩脈因具有較強的抗風化與抗侵蝕性質, 經年累月下形成了岩骨, 和岸邊的海蝕洞成為此島嶼的特殊地質景觀。 棉花嶼幾乎都是平直的斷崖, 只有西岸西北角的一個小灣允許登陸, 但又因島嶼與岩礁之間距離太短, 且風勢太強大, 船隻停泊有相當高的難度。
棉花嶼是東南高, 西北低的地勢, 北部屬於臺地地形, 是一座由灰黑色橄欖石, 古輝銅石和玄武岩所組成的火山島, 東西長度約為530公尺, 南北則為800公尺, 海拔最高是61公尺, 周長為2200公尺。 棉花嶼全島皆被火山熔岩給覆蓋, 堅硬多孔的岩脈因具有較強的抗風化與抗侵蝕性質, 經年累月下形成了岩骨, 和岸邊的海蝕洞成為此島嶼的特殊地質景觀。 棉花嶼幾乎都是平直的斷崖, 只有西岸西北角的一個小灣允許登陸, 但又因島嶼與岩礁之間距離太短,
棉花嶼位於東經122度6分, 北緯25度30分, 距離基隆東北方約65公里, 東西長約300公尺, 南北長約400公尺, 面積0.13平方公里, 海拔最高的地方只有61公尺。 棉花嶼和北方的彭佳嶼,
本嶼是一座火山島, 由灰黑色橄欖石古銅輝石玄武岩的熔岩流所成, 有時成熔渣狀。 其中有堅硬多孔質的岩脈, 抵抗風化作用, 而突出於地表, 尤其是東南丘的丘鼇著最標準。 此外火山熔岩上有些浮石凝灰岩覆蓋,
棉花嶼與花瓶嶼位於基隆北方約65公里處海域, 與鄰近之彭佳嶼同屬基隆市政府轄內獨立於臺灣本島外之火山島嶼。其中棉花嶼與花瓶嶼因為地型陡峭,早期又為軍事管制區,較少有人為之干擾,因而保存了較完整之自然風貌與海島火山地質原貌。
西元1886年,中法戰爭後,馬偕醫師曾描述棉花嶼聚集了上萬隻的鳥類在此棲息活動;而後,在日本學者伊能喜矩的《彭佳嶼調查報告書》中,更報導本區有鯨類,信天翁,大漁場3大自然資源。近年來的調查報告中對棉花嶼與花瓶嶼自然資源的描述:包括《國立海洋科技博物館特定區鳥類資源之初步調查研究》中記錄珍貴稀有之白腹鰹鳥在此地棲息;基隆市野鳥學會的調查中則有玄燕鷗,白眉燕鷗繁殖記錄,以及白腹鰹鳥,磯鷸,岩鷺等鳥類之棲息與活動記錄。鑒於棉花嶼與花瓶嶼在鳥類繁殖,過境與棲息上的重要性,農委會於民國84年6月12日公告棉花嶼與花瓶嶼為野生動物重要棲息環境,而後為了避免人為干擾,造成自然景觀的破壞,基隆市政府乃於民國85年3月18日將其公告劃定為野生動物保護區。主要目的在保護島上棲息繁殖之鳥類及生態環境,以及特有之地形地質景觀,並推動賞鳥活動,以加強自然生態保育。
西元1886年,中法戰爭後,馬偕醫師曾描述棉花嶼聚集了上萬隻的鳥類在此棲息活動;而後,在日本學者伊能喜矩的《彭佳嶼調查報告書》中,更報導本區有鯨類,信天翁,大漁場3大自然資源。近年來的調查報告中對棉花嶼與花瓶嶼自然資源的描述:包括《國立海洋科技博物館特定區鳥類資源之初步調查研究》中記錄珍貴稀有之白腹鰹鳥在此地棲息;基隆市野鳥學會的調查中則有玄燕鷗,白眉燕鷗繁殖記錄,以及白腹鰹鳥,磯鷸,岩鷺等鳥類之棲息與活動記錄。鑒於棉花嶼與花瓶嶼在鳥類繁殖,過境與棲息上的重要性,農委會於民國84年6月12日公告棉花嶼與花瓶嶼為野生動物重要棲息環境,而後為了避免人為干擾,造成自然景觀的破壞,基隆市政府乃於民國85年3月18日將其公告劃定為野生動物保護區。主要目的在保護島上棲息繁殖之鳥類及生態環境,以及特有之地形地質景觀,並推動賞鳥活動,以加強自然生態保育。